公司法人治理組織機構以董事會為核心，由股東會、董事會、監事會和經營管理層共同組成。

    公司股東由福建省交通運輸集團有限責任公司、福建省國有資產管理有限公司、福建省港航勘察設計院組成；董事會成員5名，其中董事長1名（公司法定代表人），職工代表董事1名，監事會成員3名（職工代表1名）；經營管理層成員5名。

    公司法人治理結構的層級和權責關系為：股東會由全體股東組成，董事會、監事會對股東會負責，總經理對董事會負責；股東會、董事會、監事會和總經理按公司《章程》規定，分別行使權力機構、決策機構、監督機構和執行機構的職能；公司在黨支部、董事會、監事會的領導下開展工作。